Organisationen är uppdelad i lokalföreningar från norr till söder. IM leds av den nationella styrelsen som väljs av medlemmarna på det nationella årsmötet.

Styrelsen delegerar det operativa arbetet till generalsekreteraren som arbetsleder IMs anställda. IM tillämpar en representativ demokratiform där lokalföreningarna utser ombud som representerar föreningarnas medlemmar på årsmötet. Lokalföreningarna leds av lokala styrelser som, tillsammans med ombuden till det nationella årsmötet, väljs på lokalföreningens årsmöte av medlemmarna i lokalföreningen.

En stor del av IMs nationella verksamhet bärs av lokalföreningar och lokalgrupper genom medlemmar och volontärer som bedriver verksamhet inom områdena integration, insamling, information.